พื้นที่อุทยานแห่งชาติเขาปู่-เขาย่า เป็นต้นน้ำของแม่น้ำตรังและแม่น้ำปากพนัง โดยในฝั่งจังหวัดพัทลุงเป็นแหล่งกำเนิดคลองลาไม คลองไม้เสียบ คลองน้ำใส ซึ่งจะไหลรวมเป็นคลองชะอวดและแม่น้ำปากพนัง และสภาพพืชพรรณส่วนใหญ่เป็นป่าดิบชื้น มีพรรณไม้หลายชนิดขึ้นอยู่อย่างหนาแน่นเช่น ไม้ยาง ตะเคียน หลุมพอ กระบาก จำปาป่า พิกุล เป็นต้น
